Мисията на Медицински университет "Проф. д-р П. Стоянов" - Варна е да отговори на обществените потребности от висококвалифицирани медицински и управленски кадри в здравеопазването и социалната сфера в съответствие с националните стратегии за развитие на образованието и здравеопазването и международните стандарти; да развива фундаменталната и приложната изследователска дейност, иновации и нови технологии, както и да подобрява здравето на нацията в партньорство с останалите звена в здравната система.
При изпълнението на своята мисия Университетът се ръководи от основните си
ценности: устойчив трансфер на знания; осигуряване на стабилна среда за обучение, практика и живот на студентите; гарантиране на научен и преподавателски потенциал; достъпност и равнопоставеност; възможности за развитие; уважение на академичните традиции.
Визията на Университета е да бъде национално признат лидер в академичното обучение и научните изследвания, имащи съществен принос за подобряване здравето на нацията, технологичния прогрес и качеството на живот.