„Европейските университети" имат амбициозен мандат, насочен към постигането на следните две цели:

• Насърчаване на общи европейски ценности, залегнали в Чл. 2 от Договора за Европейския съюз, и засилена европейска идентичност чрез обединяване на ново поколение европейци, които могат да си сътрудничат и да работят в различни европейски и глобални култури и на различни езици, както и в трансгранични условия, сектори и академични дисциплини.
• Да постигнат значителен скок в качеството, производителността, привлекателността и международната конкурентоспособност на европейските институции за висше образование и да допринесат за европейската икономика на знанието, заетостта, културата и благосъстоянието, като използват най-добре иновационна педагогика и се стремят да превърнат триъгълника на знанието в реалност. Съгласно заключенията на Европейския съвет от 28 юни 2018 г. „следва да се насърчава сътрудничеството между научните изследвания, иновациите и образованието, включително чрез инициативата за европейски университети."„Европейските университети" ще бъдат ключова движеща сила за повишаване на качеството на висшето образование и, когато е възможно, за укрепване на връзката му с научноизследователската и иновационната среда в Европа и нейното разпространение сред обществото и икономиката.