Катедрата по микробиология и вирусология се управлява от ръководител и Катедрен съвет.
Настоящ ръководител е доц. д-р Лилия Иванова.
Катедреният съвет се състои от членовете на академичния състав на катедрата, които са на основен трудов договор.