Факултетът по фармация е създаден с Решение на 40-то Народно събрание на Република България от 16 октомври 2008 г. Мисия и цел на факултета са обучение на студенти по фармация, както и обучение на специализанти и докторанти по основните фармацевтични дисциплини. Интегрирането на факултета в системата на фармацевтичното образование на Европейския съюз, високото качество и всеобхватността на образователната му дейност са основни приоритети в развитието му. През ноември 2025 г. Националната агенция за оценяване и акредитация даде акредитация на специалността „Фармация" в Медицински университет – Варна с оценка 9.04 и увеличи капацитета на специалността на 550 студенти и докторанти.
Осигуряването на качествено обучение и ползотворна практика от висококвалифициран екип, както и предоставянето на възможности за развитие на студенти и преподаватели чрез национални и европейски финансови инструменти са основните приоритети на Факултета по фармация. Сключени са договори с водещи европейски университети за сътрудничество и обмен на опит, провеждат се съвместни лекционни курсове с утвърдени преподаватели от чужбина.
Ежегодно се провежда Фармацевтичен бизнес форум, като съвместна инициатива на Факултета по фармация при МУ-Варна и Българския фармацевтичен съюз. Сключени са договори за сътрудничество и координация с водещи фармацевтични компании.
Друга съвместна инициатива с Българския фармацевтичен съюз е въведеното продължаващо обучение на магистър-фармацевти, към което има огромен интерес от страна на всички специалисти от фармацевтичните практики.
Scripta Scientifica Pharmaceutica е периодично научно списание на Медицински университет за публикуване на научни статии и поканени обзори в областта на фармацията. Издава се в електронен и печатен формат.
Факултетът по фармация разполага с модерна сграда, която беше официално открита на 16 октомври 2015 г. В девететажната сграда има модерна и просторна аудиторна, лабораторна и административна площ, научни лаборатории по биофармация и фармакокинетика, хроматография, спектрофотометрия, молекулярна биология, фармакогнозия и фармацевтична ботаника, клетъчни култури и други. Тя разполага и със своя собствена учебно-производствена аптека, складова база, библиотека, компютърни зали, учебен хербариум.
Със създаването на новата високотехнологична база, отговаряща на съвременните изисквания за обучение в областта на фармацията, се затвори цикълът от дейности, които МУ-Варна като модерен и бързоразвиващ се университет осъществява в областта на медицинското образование и развитието на медицинската наука.
